หน่วยตรวจสอบภายใน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษานครศรีธรรมราช มีภาระงานดังต่อไปนี้

1. งานตรวจสอบภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาและสถานศึกษา
   1. งานประเมินระบบการควบคุมภายในและประเมินความเสี่ยง
      1. งานประเมินระบบการควบคุมภายใน
      2. งานประเมินความเสี่ยง
   2. งานตรวจสอบภายในเพื่อให้ความเชื่อมั่น
      1. การตรวจสอบทางการเงิน
      2. การตรวจสอบการปฏิบัติตามกฎระเบียบ
      3. การตรวจสอบการปฏิบัติงาน
      4. การตรวจสอบผลการดำเนินงาน
      5. การตรวจสอบสารสนเทศ
      6. การตรวจสอบการบริหาร
   3. งานให้คำปรึกษา
2. งานบริหารการตรวจสอบ
   
   1. งานวางแผนการตรวจสอบภายใน
   2. งานประกันคุณภาพงานตรวจสอบภายใน
3. งานธุรการและสารสนเทศ
4. งานตรวจสอบพิเศษ